柯氏艾美耳球虫的内生发育包括２代无性繁殖和１代有性繁殖，第１代裂殖生殖阶段的时间为感染后至４８ｈ，第２代裂殖生殖阶段的时间为感染后４８￣８４ｈ，配子生殖阶段始于感染后７６ｈ。感染后９０￣１３８ｈ在肠绒毛中发现成熟的配子体，感染后９６ｈ在回肠肠腺中发现卵囊，至１３８ｈ仍可见。最短孢子化时间为９￣１２ｈ。柯氏艾美耳球虫的宿主特异性强，不感染虎皮鹦鹉、八哥、鹌鹑和雏鸡。